Details of the Target

General Information of Target

Target ID LDTP09854
Target Name USP6 N-terminal-like protein (USP6NL)
Gene Name USP6NL
Gene ID 9712
Synonyms
KIAA0019; USP6 N-terminal-like protein; Related to the N-terminus of tre; RN-tre
3D Structure
Download
2D Sequence (FASTA)
Download
3D Structure (PDB)
Download
Sequence
MGGSLRVAVLGAPGVGKTAIIRQFLFGDYPERHRPTDGPRLYRPAVLLDGAVYDLSIRDG
DVAGPGSSPGGPEEWPDAKDWSLQDTDAFVLVYDICSPDSFDYVKALRQRIAETRPAGAP
EAPILVVGNKRDRQRLRFGPRRALAALVRRGWRCGYLECSAKYNWHVLRLFRELLRCALV
RARPAHPALRLQGALHPARCSLM
Target Bioclass
Other
Subcellular location
Golgi apparatus
Function
Acts as a GTPase-activating protein for RAB5A and RAB43. Involved in receptor trafficking. In complex with EPS8 inhibits internalization of EGFR. Involved in retrograde transport from the endocytic pathway to the Golgi apparatus. Involved in the transport of Shiga toxin from early and recycling endosomes to the trans-Golgi network. Required for structural integrity of the Golgi complex.
Uniprot ID
Q92738
Ensemble ID
ENST00000277575.5
HGNC ID
HGNC:16858

Target Site Mutations in Different Cell Lines

Cell line Mutation details Probe for labeling this protein in this cell
22RV1 SNV: p.T181R .
HEC1 SNV: p.S633N DBIA    Probe Info 
HEC1B SNV: p.S633N .
HS839T SNV: p.S652G .
HT115 SNV: p.G759D DBIA    Probe Info 
HUH28 SNV: p.R744K DBIA    Probe Info 
LNCaP clone FGC SNV: p.G759D DBIA    Probe Info 
MCC13 SNV: p.P803S DBIA    Probe Info 
MFE319 SNV: p.G184E .
NCIH2170 SNV: p.L820I DBIA    Probe Info 
NCIH446 SNV: p.P522L .
SH4 SNV: p.S379F .
SNU449 Deletion: p.K329RfsTer10 DBIA    Probe Info 
YSCCC SNV: p.Q235E DBIA    Probe Info 

Probe(s) Labeling This Target

ABPP Probe
Click To Hide/Show 4 Probe Related to This Target
Probe name Structure Binding Site(Ratio) Interaction ID Ref
DBIA
 Probe Info  		C154(4.38)  LDD3319  [1]
IA-alkyne
 Probe Info  		C137(1.15)  LDD2183  [2]
m-APA
 Probe Info  		N.A.  LDD2231  [3]
TFBX
 Probe Info  		N.A.  LDD0148  [4]

Competitor(s) Related to This Target

Competitor ID Name Cell line Binding Site(Ratio) Interaction ID Ref
 LDCM0214  AC1 HEK-293T C137(0.94)  LDD1507  [5]
 LDCM0215  AC10 HEK-293T C137(1.06)  LDD1508  [5]
 LDCM0226  AC11 HEK-293T C137(1.02)  LDD1509  [5]
 LDCM0237  AC12 HEK-293T C137(0.87)  LDD1510  [5]
 LDCM0259  AC14 HEK-293T C137(1.01)  LDD1512  [5]
 LDCM0270  AC15 HEK-293T C137(1.01)  LDD1513  [5]
 LDCM0276  AC17 HEK-293T C137(0.95)  LDD1515  [5]
 LDCM0277  AC18 HEK-293T C137(1.00)  LDD1516  [5]
 LDCM0278  AC19 HEK-293T C137(0.96)  LDD1517  [5]
 LDCM0279  AC2 HEK-293T C137(1.06)  LDD1518  [5]
 LDCM0280  AC20 HEK-293T C137(0.89)  LDD1519  [5]
 LDCM0281  AC21 HEK-293T C137(1.06)  LDD1520  [5]
 LDCM0282  AC22 HEK-293T C137(0.92)  LDD1521  [5]
 LDCM0283  AC23 HEK-293T C137(1.02)  LDD1522  [5]
 LDCM0284  AC24 HEK-293T C137(1.01)  LDD1523  [5]
 LDCM0285  AC25 HEK-293T C137(0.99)  LDD1524  [5]
 LDCM0286  AC26 HEK-293T C137(1.02)  LDD1525  [5]
 LDCM0287  AC27 HEK-293T C137(0.97)  LDD1526  [5]
 LDCM0288  AC28 HEK-293T C137(0.90)  LDD1527  [5]
 LDCM0289  AC29 HEK-293T C137(1.04)  LDD1528  [5]
 LDCM0290  AC3 HEK-293T C137(1.00)  LDD1529  [5]
 LDCM0291  AC30 HEK-293T C137(0.95)  LDD1530  [5]
 LDCM0292  AC31 HEK-293T C137(1.03)  LDD1531  [5]
 LDCM0293  AC32 HEK-293T C137(0.96)  LDD1532  [5]
 LDCM0294  AC33 HEK-293T C137(0.95)  LDD1533  [5]
 LDCM0295  AC34 HEK-293T C137(1.04)  LDD1534  [5]
 LDCM0296  AC35 HEK-293T C137(1.11)  LDD1535  [5]
 LDCM0297  AC36 HEK-293T C137(1.05)  LDD1536  [5]
 LDCM0298  AC37 HEK-293T C137(1.05)  LDD1537  [5]
 LDCM0299  AC38 HEK-293T C137(1.01)  LDD1538  [5]
 LDCM0300  AC39 HEK-293T C137(1.00)  LDD1539  [5]
 LDCM0301  AC4 HEK-293T C137(0.88)  LDD1540  [5]
 LDCM0302  AC40 HEK-293T C137(1.04)  LDD1541  [5]
 LDCM0303  AC41 HEK-293T C137(0.99)  LDD1542  [5]
 LDCM0304  AC42 HEK-293T C137(1.09)  LDD1543  [5]
 LDCM0305  AC43 HEK-293T C137(1.06)  LDD1544  [5]
 LDCM0306  AC44 HEK-293T C137(0.98)  LDD1545  [5]
 LDCM0307  AC45 HEK-293T C137(1.11)  LDD1546  [5]
 LDCM0308  AC46 HEK-293T C137(1.08)  LDD1547  [5]
 LDCM0309  AC47 HEK-293T C137(1.01)  LDD1548  [5]
 LDCM0310  AC48 HEK-293T C137(1.07)  LDD1549  [5]
 LDCM0311  AC49 HEK-293T C137(0.99)  LDD1550  [5]
 LDCM0312  AC5 HEK-293T C137(1.13)  LDD1551  [5]
 LDCM0313  AC50 HEK-293T C137(1.06)  LDD1552  [5]
 LDCM0314  AC51 HEK-293T C137(1.01)  LDD1553  [5]
 LDCM0315  AC52 HEK-293T C137(1.01)  LDD1554  [5]
 LDCM0316  AC53 HEK-293T C137(1.10)  LDD1555  [5]
 LDCM0317  AC54 HEK-293T C137(1.01)  LDD1556  [5]
 LDCM0318  AC55 HEK-293T C137(0.92)  LDD1557  [5]
 LDCM0319  AC56 HEK-293T C137(1.07)  LDD1558  [5]
 LDCM0320  AC57 HEK-293T C137(0.97)  LDD1559  [5]
 LDCM0321  AC58 HEK-293T C137(1.04)  LDD1560  [5]
 LDCM0322  AC59 HEK-293T C137(1.03)  LDD1561  [5]
 LDCM0323  AC6 HEK-293T C137(0.98)  LDD1562  [5]
 LDCM0324  AC60 HEK-293T C137(0.92)  LDD1563  [5]
 LDCM0325  AC61 HEK-293T C137(1.04)  LDD1564  [5]
 LDCM0326  AC62 HEK-293T C137(1.03)  LDD1565  [5]
 LDCM0327  AC63 HEK-293T C137(0.97)  LDD1566  [5]
 LDCM0328  AC64 HEK-293T C137(1.04)  LDD1567  [5]
 LDCM0334  AC7 HEK-293T C137(1.00)  LDD1568  [5]
 LDCM0345  AC8 HEK-293T C137(0.99)  LDD1569  [5]
 LDCM0248  AKOS034007472 HEK-293T C137(1.05)  LDD1511  [5]
 LDCM0356  AKOS034007680 HEK-293T C137(1.03)  LDD1570  [5]
 LDCM0275  AKOS034007705 HEK-293T C137(0.97)  LDD1514  [5]
 LDCM0367  CL1 HEK-293T C137(0.95)  LDD1571  [5]
 LDCM0368  CL10 HEK-293T C137(0.96)  LDD1572  [5]
 LDCM0369  CL100 HEK-293T C137(0.69); C271(0.68)  LDD1573  [5]
 LDCM0370  CL101 HEK-293T C137(1.03)  LDD1574  [5]
 LDCM0372  CL103 HEK-293T C137(0.93); C271(0.96)  LDD1576  [5]
 LDCM0373  CL104 HEK-293T C137(0.69); C271(0.93)  LDD1577  [5]
 LDCM0374  CL105 HEK-293T C137(0.93)  LDD1578  [5]
 LDCM0376  CL107 HEK-293T C137(0.97); C271(1.07)  LDD1580  [5]
 LDCM0377  CL108 HEK-293T C137(0.68); C271(0.95)  LDD1581  [5]
 LDCM0378  CL109 HEK-293T C137(1.01)  LDD1582  [5]
 LDCM0379  CL11 HEK-293T C137(1.00)  LDD1583  [5]
 LDCM0381  CL111 HEK-293T C137(0.99); C271(0.90)  LDD1585  [5]
 LDCM0382  CL112 HEK-293T C137(0.72); C271(1.00)  LDD1586  [5]
 LDCM0383  CL113 HEK-293T C137(0.98)  LDD1587  [5]
 LDCM0385  CL115 HEK-293T C137(0.94); C271(0.95)  LDD1589  [5]
 LDCM0386  CL116 HEK-293T C137(0.65); C271(1.00)  LDD1590  [5]
 LDCM0387  CL117 HEK-293T C137(0.99)  LDD1591  [5]
 LDCM0389  CL119 HEK-293T C137(1.00); C271(0.97)  LDD1593  [5]
 LDCM0390  CL12 HEK-293T C137(0.90)  LDD1594  [5]
 LDCM0391  CL120 HEK-293T C137(0.74); C271(1.00)  LDD1595  [5]
 LDCM0392  CL121 HEK-293T C137(1.03)  LDD1596  [5]
 LDCM0394  CL123 HEK-293T C137(0.88); C271(0.91)  LDD1598  [5]
 LDCM0395  CL124 HEK-293T C137(0.68); C271(1.04)  LDD1599  [5]
 LDCM0396  CL125 HEK-293T C137(1.03)  LDD1600  [5]
 LDCM0398  CL127 HEK-293T C137(0.95); C271(1.01)  LDD1602  [5]
 LDCM0399  CL128 HEK-293T C137(0.69); C271(0.99)  LDD1603  [5]
 LDCM0400  CL13 HEK-293T C137(1.06)  LDD1604  [5]
 LDCM0402  CL15 HEK-293T C137(0.89); C271(0.94)  LDD1606  [5]
 LDCM0403  CL16 HEK-293T C137(0.73); C271(1.11)  LDD1607  [5]
 LDCM0404  CL17 HEK-293T C137(0.88)  LDD1608  [5]
 LDCM0405  CL18 HEK-293T C137(1.03)  LDD1609  [5]
 LDCM0406  CL19 HEK-293T C137(0.96)  LDD1610  [5]
 LDCM0408  CL20 HEK-293T C137(0.91)  LDD1612  [5]
 LDCM0409  CL21 HEK-293T C137(0.92)  LDD1613  [5]
 LDCM0410  CL22 HEK-293T C137(1.05)  LDD1614  [5]
 LDCM0411  CL23 HEK-293T C137(1.03)  LDD1615  [5]
 LDCM0412  CL24 HEK-293T C137(0.98)  LDD1616  [5]
 LDCM0413  CL25 HEK-293T C137(0.97)  LDD1617  [5]
 LDCM0415  CL27 HEK-293T C137(0.97); C271(0.98)  LDD1619  [5]
 LDCM0416  CL28 HEK-293T C137(0.65); C271(0.92)  LDD1620  [5]
 LDCM0417  CL29 HEK-293T C137(1.00)  LDD1621  [5]
 LDCM0418  CL3 HEK-293T C137(0.97); C271(0.85)  LDD1622  [5]
 LDCM0419  CL30 HEK-293T C137(1.04)  LDD1623  [5]
 LDCM0420  CL31 HEK-293T C137(1.02)  LDD1624  [5]
 LDCM0421  CL32 HEK-293T C137(0.85)  LDD1625  [5]
 LDCM0422  CL33 HEK-293T C137(0.92)  LDD1626  [5]
 LDCM0423  CL34 HEK-293T C137(0.97)  LDD1627  [5]
 LDCM0424  CL35 HEK-293T C137(1.04)  LDD1628  [5]
 LDCM0425  CL36 HEK-293T C137(1.00)  LDD1629  [5]
 LDCM0426  CL37 HEK-293T C137(0.97)  LDD1630  [5]
 LDCM0428  CL39 HEK-293T C137(0.95); C271(0.88)  LDD1632  [5]
 LDCM0429  CL4 HEK-293T C137(0.72); C271(1.09)  LDD1633  [5]
 LDCM0430  CL40 HEK-293T C137(0.75); C271(0.92)  LDD1634  [5]
 LDCM0431  CL41 HEK-293T C137(1.00)  LDD1635  [5]
 LDCM0432  CL42 HEK-293T C137(1.03)  LDD1636  [5]
 LDCM0433  CL43 HEK-293T C137(0.97)  LDD1637  [5]
 LDCM0434  CL44 HEK-293T C137(0.91)  LDD1638  [5]
 LDCM0435  CL45 HEK-293T C137(1.06)  LDD1639  [5]
 LDCM0436  CL46 HEK-293T C137(1.07)  LDD1640  [5]
 LDCM0437  CL47 HEK-293T C137(0.94)  LDD1641  [5]
 LDCM0438  CL48 HEK-293T C137(1.01)  LDD1642  [5]
 LDCM0439  CL49 HEK-293T C137(1.05)  LDD1643  [5]
 LDCM0440  CL5 HEK-293T C137(0.94)  LDD1644  [5]
 LDCM0443  CL52 HEK-293T C137(0.76); C271(0.92)  LDD1646  [5]
 LDCM0444  CL53 HEK-293T C137(0.97)  LDD1647  [5]
 LDCM0445  CL54 HEK-293T C137(1.00)  LDD1648  [5]
 LDCM0446  CL55 HEK-293T C137(1.00)  LDD1649  [5]
 LDCM0447  CL56 HEK-293T C137(0.99)  LDD1650  [5]
 LDCM0448  CL57 HEK-293T C137(0.98)  LDD1651  [5]
 LDCM0449  CL58 HEK-293T C137(1.02)  LDD1652  [5]
 LDCM0450  CL59 HEK-293T C137(1.02)  LDD1653  [5]
 LDCM0451  CL6 HEK-293T C137(0.98)  LDD1654  [5]
 LDCM0452  CL60 HEK-293T C137(1.02)  LDD1655  [5]
 LDCM0453  CL61 HEK-293T C137(1.04)  LDD1656  [5]
 LDCM0455  CL63 HEK-293T C137(1.00); C271(0.97)  LDD1658  [5]
 LDCM0456  CL64 HEK-293T C137(0.76); C271(0.79)  LDD1659  [5]
 LDCM0457  CL65 HEK-293T C137(1.01)  LDD1660  [5]
 LDCM0458  CL66 HEK-293T C137(1.07)  LDD1661  [5]
 LDCM0459  CL67 HEK-293T C137(0.99)  LDD1662  [5]
 LDCM0460  CL68 HEK-293T C137(0.90)  LDD1663  [5]
 LDCM0461  CL69 HEK-293T C137(1.08)  LDD1664  [5]
 LDCM0462  CL7 HEK-293T C137(0.94)  LDD1665  [5]
 LDCM0463  CL70 HEK-293T C137(1.09)  LDD1666  [5]
 LDCM0464  CL71 HEK-293T C137(1.03)  LDD1667  [5]
 LDCM0465  CL72 HEK-293T C137(1.04)  LDD1668  [5]
 LDCM0466  CL73 HEK-293T C137(0.96)  LDD1669  [5]
 LDCM0469  CL76 HEK-293T C137(0.78); C271(1.04)  LDD1672  [5]
 LDCM0470  CL77 HEK-293T C137(0.95)  LDD1673  [5]
 LDCM0471  CL78 HEK-293T C137(1.01)  LDD1674  [5]
 LDCM0472  CL79 HEK-293T C137(1.03)  LDD1675  [5]
 LDCM0473  CL8 HEK-293T C137(0.83)  LDD1676  [5]
 LDCM0474  CL80 HEK-293T C137(1.01)  LDD1677  [5]
 LDCM0475  CL81 HEK-293T C137(1.06)  LDD1678  [5]
 LDCM0476  CL82 HEK-293T C137(1.05)  LDD1679  [5]
 LDCM0477  CL83 HEK-293T C137(0.96)  LDD1680  [5]
 LDCM0478  CL84 HEK-293T C137(0.94)  LDD1681  [5]
 LDCM0479  CL85 HEK-293T C137(1.08)  LDD1682  [5]
 LDCM0481  CL87 HEK-293T C137(0.87); C271(0.99)  LDD1684  [5]
 LDCM0482  CL88 HEK-293T C137(0.78); C271(1.13)  LDD1685  [5]
 LDCM0483  CL89 HEK-293T C137(1.08)  LDD1686  [5]
 LDCM0484  CL9 HEK-293T C137(1.02)  LDD1687  [5]
 LDCM0485  CL90 HEK-293T C137(0.94)  LDD1688  [5]
 LDCM0486  CL91 HEK-293T C137(0.94)  LDD1689  [5]
 LDCM0487  CL92 HEK-293T C137(0.92)  LDD1690  [5]
 LDCM0488  CL93 HEK-293T C137(1.01)  LDD1691  [5]
 LDCM0489  CL94 HEK-293T C137(0.99)  LDD1692  [5]
 LDCM0490  CL95 HEK-293T C137(0.98)  LDD1693  [5]
 LDCM0491  CL96 HEK-293T C137(1.00)  LDD1694  [5]
 LDCM0492  CL97 HEK-293T C137(1.01)  LDD1695  [5]
 LDCM0494  CL99 HEK-293T C137(0.96); C271(0.92)  LDD1697  [5]
 LDCM0495  E2913 HEK-293T C137(0.94); C271(1.01)  LDD1698  [5]
 LDCM0625  F8 Ramos C137(1.31)  LDD2187  [2]
 LDCM0576  Fragment14 Ramos C137(1.34)  LDD2193  [2]
 LDCM0468  Fragment33 HEK-293T C137(1.03); C271(0.97)  LDD1671  [5]
 LDCM0569  Fragment7 Ramos C137(1.18)  LDD2186  [2]
 LDCM0022  KB02 HEK-293T C137(0.89)  LDD1492  [5]
 LDCM0023  KB03 HEK-293T C137(1.00)  LDD1497  [5]
 LDCM0024  KB05 MEWO C154(4.38)  LDD3319  [1]

References

1 DrugMap: A quantitative pan-cancer analysis of cysteine ligandability. Cell. 2024 May 9;187(10):2536-2556.e30. doi: 10.1016/j.cell.2024.03.027. Epub 2024 Apr 22.
Mass spectrometry data entry: PXD047840
2 Site-specific quantitative cysteine profiling with data-independent acquisition-based mass spectrometry. Methods Enzymol. 2023;679:295-322. doi: 10.1016/bs.mie.2022.07.037. Epub 2022 Sep 7.
Mass spectrometry data entry: PXD027578
3 Global profiling of functional histidines in live cells using small-molecule photosensitizer and chemical probe relay labelling. Nat Chem. 2024 Jun 4. doi: 10.1038/s41557-024-01545-6. Online ahead of print.
Mass spectrometry data entry: PXD042377
4 Chemoproteomic Profiling by Cysteine Fluoroalkylation Reveals Myrocin G as an Inhibitor of the Nonhomologous End Joining DNA Repair Pathway. J Am Chem Soc. 2021 Dec 8;143(48):20332-20342. doi: 10.1021/jacs.1c09724. Epub 2021 Nov 24.
Mass spectrometry data entry: PXD029255
5 Accelerating multiplexed profiling of protein-ligand interactions: High-throughput plate-based reactive cysteine profiling with minimal input. Cell Chem Biol. 2024 Mar 21;31(3):565-576.e4. doi: 10.1016/j.chembiol.2023.11.015. Epub 2023 Dec 19.
Mass spectrometry data entry: PXD044402