Details of the Target

General Information of Target

Target ID LDTP08402
Target Name PHD finger protein 13 (PHF13)
Gene Name PHF13
Gene ID 148479
Synonyms
PHD finger protein 13; Survival time-associated PHD finger protein in ovarian cancer 1; SPOC1
3D Structure
Download
2D Sequence (FASTA)
Download
3D Structure (PDB)
Download
Sequence
MDSDSCAAAFHPEEYSPSCKRRRTVEDFNKFCTFVLAYAGYIPYPKEELPLRSSPSPANS
TAGTIDSDGWDAGFSDIASSVPLPVSDRCFSHLQPTLLQRAKPSNFLLDRKKTDKLKKKK
KRKRRDSDAPGKEGYRGGLLKLEAADPYVETPTSPTLQDIPQAPSDPCSGWDSDTPSSGS
CATVSPDQVKEIKTEGKRTIVRQGKQVVFRDEDSTGNDEDIMVDSDDDSWDLVTCFCMKP
FAGRPMIECNECHTWIHLSCAKIRKSNVPEVFVCQKCRDSKFDIRRSNRSRTGSRKLFLD
Target Bioclass
Other
Subcellular location
Nucleus
Function
Modulates chromatin structure and DNA damage response by regulating key determinants of chromatin compaction and DNA damage response. Binds H3K4me3-containing chromatin and promotes DNA condensation by recruiting corepressors such as TRIM28 and H3K9 methyltransferase SETDB1. Required for normal chromosome condensation during the early stages of mitosis. Required for normal chromosome separation during mitosis. Increases both chromatin-associated levels and activity of H3K9 methyltransferases, such as SETDB1, thus enhancing H3K9 trimethylation. Essential for testicular stem-cell differentiation and sustained spermatogenesis.
Uniprot ID
Q86YI8
Ensemble ID
ENST00000377648.5
HGNC ID
HGNC:22983
ChEMBL ID
CHEMBL1764945

Probe(s) Labeling This Target

ABPP Probe
Click To Hide/Show 3 Probe Related to This Target
Probe name Structure Binding Site(Ratio) Interaction ID Ref
DBIA
 Probe Info  		C274(1.25)  LDD3323  [1]
NAIA_4
 Probe Info  		N.A.  LDD2226  [2]
IPM
 Probe Info  		N.A.  LDD2156  [3]

Competitor(s) Related to This Target

Competitor ID Name Cell line Binding Site(Ratio) Interaction ID Ref
 LDCM0215  AC10 HEK-293T C89(0.96)  LDD1508  [4]
 LDCM0226  AC11 HEK-293T C89(1.04); C274(0.94); C32(0.94)  LDD1509  [4]
 LDCM0237  AC12 HEK-293T C89(1.07); C274(0.96)  LDD1510  [4]
 LDCM0259  AC14 HEK-293T C89(1.02); C274(1.01)  LDD1512  [4]
 LDCM0270  AC15 HEK-293T C89(0.98)  LDD1513  [4]
 LDCM0277  AC18 HEK-293T C89(1.06)  LDD1516  [4]
 LDCM0278  AC19 HEK-293T C89(1.16); C274(1.35); C32(0.80)  LDD1517  [4]
 LDCM0279  AC2 HEK-293T C89(0.95)  LDD1518  [4]
 LDCM0280  AC20 HEK-293T C89(0.96); C274(0.92)  LDD1519  [4]
 LDCM0281  AC21 HEK-293T C89(1.01)  LDD1520  [4]
 LDCM0282  AC22 HEK-293T C89(0.97); C274(0.99)  LDD1521  [4]
 LDCM0283  AC23 HEK-293T C89(1.22)  LDD1522  [4]
 LDCM0284  AC24 HEK-293T C89(0.90); C274(1.00)  LDD1523  [4]
 LDCM0286  AC26 HEK-293T C89(1.30)  LDD1525  [4]
 LDCM0287  AC27 HEK-293T C89(1.06); C274(0.94); C32(0.81)  LDD1526  [4]
 LDCM0288  AC28 HEK-293T C89(1.07); C274(0.90)  LDD1527  [4]
 LDCM0289  AC29 HEK-293T C89(0.79)  LDD1528  [4]
 LDCM0290  AC3 HEK-293T C89(0.92); C274(1.10); C32(0.90)  LDD1529  [4]
 LDCM0291  AC30 HEK-293T C89(0.98); C274(0.87)  LDD1530  [4]
 LDCM0292  AC31 HEK-293T C89(0.78)  LDD1531  [4]
 LDCM0293  AC32 HEK-293T C89(0.94); C274(1.07)  LDD1532  [4]
 LDCM0295  AC34 HEK-293T C89(1.08)  LDD1534  [4]
 LDCM0296  AC35 HEK-293T C89(1.04); C274(1.04); C32(0.88)  LDD1535  [4]
 LDCM0297  AC36 HEK-293T C89(1.00); C274(1.00)  LDD1536  [4]
 LDCM0298  AC37 HEK-293T C89(1.09)  LDD1537  [4]
 LDCM0299  AC38 HEK-293T C89(1.09); C274(1.15)  LDD1538  [4]
 LDCM0300  AC39 HEK-293T C89(1.07)  LDD1539  [4]
 LDCM0301  AC4 HEK-293T C89(1.03); C274(0.92)  LDD1540  [4]
 LDCM0302  AC40 HEK-293T C89(0.95); C274(1.02)  LDD1541  [4]
 LDCM0304  AC42 HEK-293T C89(0.91)  LDD1543  [4]
 LDCM0305  AC43 HEK-293T C89(1.09); C274(1.13); C32(0.85)  LDD1544  [4]
 LDCM0306  AC44 HEK-293T C89(1.18); C274(0.90)  LDD1545  [4]
 LDCM0307  AC45 HEK-293T C89(1.15)  LDD1546  [4]
 LDCM0308  AC46 HEK-293T C89(1.18); C274(0.97)  LDD1547  [4]
 LDCM0309  AC47 HEK-293T C89(0.95)  LDD1548  [4]
 LDCM0310  AC48 HEK-293T C89(0.96); C274(0.98)  LDD1549  [4]
 LDCM0312  AC5 HEK-293T C89(0.93)  LDD1551  [4]
 LDCM0313  AC50 HEK-293T C89(1.24)  LDD1552  [4]
 LDCM0314  AC51 HEK-293T C89(1.20); C274(0.99); C32(1.05)  LDD1553  [4]
 LDCM0315  AC52 HEK-293T C89(1.02); C274(0.92)  LDD1554  [4]
 LDCM0316  AC53 HEK-293T C89(1.06)  LDD1555  [4]
 LDCM0317  AC54 HEK-293T C89(1.20); C274(1.06)  LDD1556  [4]
 LDCM0318  AC55 HEK-293T C89(0.99)  LDD1557  [4]
 LDCM0319  AC56 HEK-293T C89(0.97); C274(0.98)  LDD1558  [4]
 LDCM0321  AC58 HEK-293T C89(1.15)  LDD1560  [4]
 LDCM0322  AC59 HEK-293T C89(1.00); C274(0.94); C32(0.88)  LDD1561  [4]
 LDCM0323  AC6 HEK-293T C89(0.89); C274(1.01)  LDD1562  [4]
 LDCM0324  AC60 HEK-293T C89(1.18); C274(0.96)  LDD1563  [4]
 LDCM0325  AC61 HEK-293T C89(0.85)  LDD1564  [4]
 LDCM0326  AC62 HEK-293T C89(1.10); C274(1.11)  LDD1565  [4]
 LDCM0327  AC63 HEK-293T C89(0.93)  LDD1566  [4]
 LDCM0328  AC64 HEK-293T C89(1.07); C274(0.98)  LDD1567  [4]
 LDCM0334  AC7 HEK-293T C89(0.91)  LDD1568  [4]
 LDCM0345  AC8 HEK-293T C89(0.78); C274(1.06)  LDD1569  [4]
 LDCM0248  AKOS034007472 HEK-293T C89(0.91)  LDD1511  [4]
 LDCM0275  AKOS034007705 HEK-293T C89(1.06); C274(0.93)  LDD1514  [4]
 LDCM0367  CL1 HEK-293T C89(1.24)  LDD1571  [4]
 LDCM0368  CL10 HEK-293T C89(1.13); C274(0.92)  LDD1572  [4]
 LDCM0369  CL100 HEK-293T C274(0.94)  LDD1573  [4]
 LDCM0370  CL101 HEK-293T C89(1.46)  LDD1574  [4]
 LDCM0373  CL104 HEK-293T C274(1.19)  LDD1577  [4]
 LDCM0374  CL105 HEK-293T C89(1.09)  LDD1578  [4]
 LDCM0377  CL108 HEK-293T C274(0.95)  LDD1581  [4]
 LDCM0378  CL109 HEK-293T C89(1.30)  LDD1582  [4]
 LDCM0379  CL11 HEK-293T C89(0.77)  LDD1583  [4]
 LDCM0382  CL112 HEK-293T C274(0.92)  LDD1586  [4]
 LDCM0383  CL113 HEK-293T C89(1.17)  LDD1587  [4]
 LDCM0386  CL116 HEK-293T C274(1.01)  LDD1590  [4]
 LDCM0387  CL117 HEK-293T C89(1.20)  LDD1591  [4]
 LDCM0390  CL12 HEK-293T C89(0.96); C274(1.00)  LDD1594  [4]
 LDCM0391  CL120 HEK-293T C274(1.04)  LDD1595  [4]
 LDCM0392  CL121 HEK-293T C89(1.36)  LDD1596  [4]
 LDCM0395  CL124 HEK-293T C274(0.95)  LDD1599  [4]
 LDCM0396  CL125 HEK-293T C89(1.18)  LDD1600  [4]
 LDCM0399  CL128 HEK-293T C274(1.05)  LDD1603  [4]
 LDCM0400  CL13 HEK-293T C89(0.97)  LDD1604  [4]
 LDCM0403  CL16 HEK-293T C274(1.04)  LDD1607  [4]
 LDCM0405  CL18 HEK-293T C89(1.19)  LDD1609  [4]
 LDCM0406  CL19 HEK-293T C89(1.09); C274(1.21); C32(0.83)  LDD1610  [4]
 LDCM0408  CL20 HEK-293T C89(1.10); C274(0.93)  LDD1612  [4]
 LDCM0409  CL21 HEK-293T C89(0.98)  LDD1613  [4]
 LDCM0410  CL22 HEK-293T C89(1.05); C274(1.18)  LDD1614  [4]
 LDCM0411  CL23 HEK-293T C89(0.90)  LDD1615  [4]
 LDCM0412  CL24 HEK-293T C89(0.84); C274(1.07)  LDD1616  [4]
 LDCM0413  CL25 HEK-293T C89(1.44)  LDD1617  [4]
 LDCM0416  CL28 HEK-293T C274(0.96)  LDD1620  [4]
 LDCM0419  CL30 HEK-293T C89(0.95)  LDD1623  [4]
 LDCM0420  CL31 HEK-293T C89(0.96); C274(0.91); C32(0.83)  LDD1624  [4]
 LDCM0421  CL32 HEK-293T C89(0.97); C274(0.91)  LDD1625  [4]
 LDCM0422  CL33 HEK-293T C89(1.23)  LDD1626  [4]
 LDCM0423  CL34 HEK-293T C89(1.06); C274(1.09)  LDD1627  [4]
 LDCM0424  CL35 HEK-293T C89(1.18)  LDD1628  [4]
 LDCM0425  CL36 HEK-293T C89(0.93); C274(0.97)  LDD1629  [4]
 LDCM0426  CL37 HEK-293T C89(1.50)  LDD1630  [4]
 LDCM0429  CL4 HEK-293T C274(1.11)  LDD1633  [4]
 LDCM0430  CL40 HEK-293T C274(1.01)  LDD1634  [4]
 LDCM0432  CL42 HEK-293T C89(1.15)  LDD1636  [4]
 LDCM0433  CL43 HEK-293T C89(0.88); C274(0.96); C32(0.86)  LDD1637  [4]
 LDCM0434  CL44 HEK-293T C89(1.13); C274(1.06)  LDD1638  [4]
 LDCM0435  CL45 HEK-293T C89(0.99)  LDD1639  [4]
 LDCM0436  CL46 HEK-293T C89(1.06); C274(0.85)  LDD1640  [4]
 LDCM0437  CL47 HEK-293T C89(1.09)  LDD1641  [4]
 LDCM0438  CL48 HEK-293T C89(1.21); C274(1.02)  LDD1642  [4]
 LDCM0439  CL49 HEK-293T C89(1.12)  LDD1643  [4]
 LDCM0443  CL52 HEK-293T C274(1.00)  LDD1646  [4]
 LDCM0445  CL54 HEK-293T C89(1.80)  LDD1648  [4]
 LDCM0446  CL55 HEK-293T C89(0.90); C274(1.18); C32(0.88)  LDD1649  [4]
 LDCM0447  CL56 HEK-293T C89(1.07); C274(0.97)  LDD1650  [4]
 LDCM0448  CL57 HEK-293T C89(1.25)  LDD1651  [4]
 LDCM0449  CL58 HEK-293T C89(1.20); C274(1.03)  LDD1652  [4]
 LDCM0450  CL59 HEK-293T C89(0.78)  LDD1653  [4]
 LDCM0451  CL6 HEK-293T C89(0.84)  LDD1654  [4]
 LDCM0452  CL60 HEK-293T C89(1.06); C274(1.05)  LDD1655  [4]
 LDCM0453  CL61 HEK-293T C89(1.25)  LDD1656  [4]
 LDCM0456  CL64 HEK-293T C274(0.98)  LDD1659  [4]
 LDCM0458  CL66 HEK-293T C89(1.24)  LDD1661  [4]
 LDCM0459  CL67 HEK-293T C89(1.01); C274(1.10); C32(0.81)  LDD1662  [4]
 LDCM0460  CL68 HEK-293T C89(1.06); C274(1.00)  LDD1663  [4]
 LDCM0461  CL69 HEK-293T C89(1.19)  LDD1664  [4]
 LDCM0462  CL7 HEK-293T C89(0.93); C274(0.90); C32(0.85)  LDD1665  [4]
 LDCM0463  CL70 HEK-293T C89(0.96); C274(0.97)  LDD1666  [4]
 LDCM0464  CL71 HEK-293T C89(0.99)  LDD1667  [4]
 LDCM0465  CL72 HEK-293T C89(1.06); C274(1.06)  LDD1668  [4]
 LDCM0466  CL73 HEK-293T C89(0.97)  LDD1669  [4]
 LDCM0469  CL76 HEK-293T C274(1.14)  LDD1672  [4]
 LDCM0471  CL78 HEK-293T C89(1.16)  LDD1674  [4]
 LDCM0472  CL79 HEK-293T C89(0.98); C274(0.96); C32(0.81)  LDD1675  [4]
 LDCM0473  CL8 HEK-293T C89(1.47); C274(0.94)  LDD1676  [4]
 LDCM0474  CL80 HEK-293T C89(1.09); C274(0.95)  LDD1677  [4]
 LDCM0475  CL81 HEK-293T C89(1.39)  LDD1678  [4]
 LDCM0476  CL82 HEK-293T C89(1.05); C274(1.05)  LDD1679  [4]
 LDCM0477  CL83 HEK-293T C89(0.90)  LDD1680  [4]
 LDCM0478  CL84 HEK-293T C89(0.99); C274(1.01)  LDD1681  [4]
 LDCM0479  CL85 HEK-293T C89(1.28)  LDD1682  [4]
 LDCM0482  CL88 HEK-293T C274(0.99)  LDD1685  [4]
 LDCM0484  CL9 HEK-293T C89(0.96)  LDD1687  [4]
 LDCM0485  CL90 HEK-293T C89(1.35)  LDD1688  [4]
 LDCM0486  CL91 HEK-293T C89(0.96); C274(0.98); C32(0.66)  LDD1689  [4]
 LDCM0487  CL92 HEK-293T C89(1.06); C274(1.06)  LDD1690  [4]
 LDCM0488  CL93 HEK-293T C89(0.92)  LDD1691  [4]
 LDCM0489  CL94 HEK-293T C89(1.19); C274(1.03)  LDD1692  [4]
 LDCM0490  CL95 HEK-293T C89(0.94)  LDD1693  [4]
 LDCM0491  CL96 HEK-293T C89(0.95); C274(0.98)  LDD1694  [4]
 LDCM0492  CL97 HEK-293T C89(1.28)  LDD1695  [4]
 LDCM0022  KB02 22RV1 C89(2.48)  LDD2243  [1]
 LDCM0023  KB03 22RV1 C89(3.90)  LDD2660  [1]
 LDCM0024  KB05 SKMEL24 C274(1.25)  LDD3323  [1]

References

1 DrugMap: A quantitative pan-cancer analysis of cysteine ligandability. Cell. 2024 May 9;187(10):2536-2556.e30. doi: 10.1016/j.cell.2024.03.027. Epub 2024 Apr 22.
Mass spectrometry data entry: PXD047840
2 N-Acryloylindole-alkyne (NAIA) enables imaging and profiling new ligandable cysteines and oxidized thiols by chemoproteomics. Nat Commun. 2023 Jun 15;14(1):3564. doi: 10.1038/s41467-023-39268-w.
Mass spectrometry data entry: PXD041264
3 Benchmarking Cleavable Biotin Tags for Peptide-Centric Chemoproteomics. J Proteome Res. 2022 May 6;21(5):1349-1358. doi: 10.1021/acs.jproteome.2c00174. Epub 2022 Apr 25.
Mass spectrometry data entry: PXD031019
4 Accelerating multiplexed profiling of protein-ligand interactions: High-throughput plate-based reactive cysteine profiling with minimal input. Cell Chem Biol. 2024 Mar 21;31(3):565-576.e4. doi: 10.1016/j.chembiol.2023.11.015. Epub 2023 Dec 19.
Mass spectrometry data entry: PXD044402