Details of the Target

General Information of Target

Target ID LDTP12659
Target Name E3 ubiquitin-protein ligase RNF19A (RNF19A)
Gene Name RNF19A
Gene ID 25897
Synonyms
RNF19; E3 ubiquitin-protein ligase RNF19A; EC 2.3.2.31; Double ring-finger protein; Dorfin; RING finger protein 19A; p38
3D Structure
Download
2D Sequence (FASTA)
Download
3D Structure (PDB)
Download
Sequence
MGEAEVGGGGAAGDKGPGEAATSPAEETVVWSPEVEVCLFHAMLGHKPVGVNRHFHMICI
RDKFSQNIGRQVPSKVIWDHLSTMYDMQALHESEILPFPNPERNFVLPEEIIQEVREGKV
MIEEEMKEEMKEDVDPHNGADDVFSSSGSLGKASEKSSKDKEKNSSDLGCKEGADKRKRS
RVTDKVLTANSNPSSPSAAKRRRT
Target Bioclass
Enzyme
Family
RBR family, RNF19 subfamily
Subcellular location
Membrane
Function
E3 ubiquitin-protein ligase which accepts ubiquitin from E2 ubiquitin-conjugating enzymes UBE2L3 and UBE2L6 in the form of a thioester and then directly transfers the ubiquitin to targeted substrates, such as SNCAIP or CASR. Specifically ubiquitinates pathogenic SOD1 variants, which leads to their proteasomal degradation and to neuronal protection.
Uniprot ID
Q9NV58
Ensemble ID
ENST00000341084.7
HGNC ID
HGNC:13432

Target Site Mutations in Different Cell Lines

Cell line Mutation details Probe for labeling this protein in this cell
COLO679 SNV: p.T27P .
CORL88 SNV: p.S778Y .
DETROIT562 SNV: p.L816P .
HCC1954 SNV: p.S284Y .
LS180 Deletion: p.R63EfsTer5 .
MCC26 Substitution: p.R357Ter .
MDAMB231 SNV: p.L713H .
MELJUSO SNV: p.V808D .
OVK18 Deletion: p.R63EfsTer5 .
TGBC1TKB SNV: p.Q2Ter .
VCAP SNV: p.Y811C .
WM793 SNV: p.E202K .

Probe(s) Labeling This Target

ABPP Probe
Click To Hide/Show 3 Probe Related to This Target
Probe name Structure Binding Site(Ratio) Interaction ID Ref
DBIA
 Probe Info  		C264(2.14)  LDD3389  [1]
TFBX
 Probe Info  		N.A.  LDD0148  [2]
Methacrolein
 Probe Info  		N.A.  LDD0218  [3]

Competitor(s) Related to This Target

Competitor ID Name Cell line Binding Site(Ratio) Interaction ID Ref
 LDCM0214  AC1 PaTu 8988t C155(1.53); C158(1.53)  LDD1093  [4]
 LDCM0215  AC10 HEK-293T C347(1.02)  LDD1508  [5]
 LDCM0226  AC11 HEK-293T C347(1.14)  LDD1509  [5]
 LDCM0259  AC14 HEK-293T C347(1.12)  LDD1512  [5]
 LDCM0270  AC15 HEK-293T C347(1.07)  LDD1513  [5]
 LDCM0276  AC17 HEK-293T C347(1.02)  LDD1515  [5]
 LDCM0277  AC18 HEK-293T C347(1.02)  LDD1516  [5]
 LDCM0278  AC19 HEK-293T C347(1.22)  LDD1517  [5]
 LDCM0279  AC2 PaTu 8988t C155(1.53); C158(1.53)  LDD1158  [4]
 LDCM0281  AC21 HEK-293T C347(0.83)  LDD1520  [5]
 LDCM0282  AC22 HEK-293T C347(1.12)  LDD1521  [5]
 LDCM0283  AC23 HEK-293T C347(0.95)  LDD1522  [5]
 LDCM0284  AC24 HEK-293T C347(1.10); C264(1.06)  LDD1523  [5]
 LDCM0285  AC25 HEK-293T C347(1.17)  LDD1524  [5]
 LDCM0286  AC26 HEK-293T C347(0.96)  LDD1525  [5]
 LDCM0287  AC27 HEK-293T C347(1.15)  LDD1526  [5]
 LDCM0289  AC29 HEK-293T C347(0.74)  LDD1528  [5]
 LDCM0290  AC3 PaTu 8988t C155(1.55); C158(1.55)  LDD1169  [4]
 LDCM0291  AC30 HEK-293T C347(1.33)  LDD1530  [5]
 LDCM0292  AC31 HEK-293T C347(1.05)  LDD1531  [5]
 LDCM0293  AC32 HEK-293T C347(0.98); C264(1.02)  LDD1532  [5]
 LDCM0294  AC33 HEK-293T C347(1.07)  LDD1533  [5]
 LDCM0295  AC34 HEK-293T C347(1.12)  LDD1534  [5]
 LDCM0296  AC35 HEK-293T C347(1.05)  LDD1535  [5]
 LDCM0298  AC37 HEK-293T C347(0.88)  LDD1537  [5]
 LDCM0299  AC38 HEK-293T C347(1.03)  LDD1538  [5]
 LDCM0300  AC39 HEK-293T C347(1.13)  LDD1539  [5]
 LDCM0301  AC4 PaTu 8988t C155(1.45); C158(1.45)  LDD1180  [4]
 LDCM0302  AC40 HEK-293T C347(0.94); C264(1.05)  LDD1541  [5]
 LDCM0303  AC41 HEK-293T C347(1.06)  LDD1542  [5]
 LDCM0304  AC42 HEK-293T C347(1.14)  LDD1543  [5]
 LDCM0305  AC43 HEK-293T C347(1.29)  LDD1544  [5]
 LDCM0307  AC45 HEK-293T C347(0.80)  LDD1546  [5]
 LDCM0308  AC46 PaTu 8988t C155(0.84); C158(0.84)  LDD1187  [4]
 LDCM0309  AC47 PaTu 8988t C155(0.89); C158(0.89)  LDD1188  [4]
 LDCM0310  AC48 PaTu 8988t C155(1.09); C158(1.09)  LDD1189  [4]
 LDCM0311  AC49 PaTu 8988t C155(1.15); C158(1.15)  LDD1190  [4]
 LDCM0312  AC5 PaTu 8988t C155(1.32); C158(1.32)  LDD1191  [4]
 LDCM0313  AC50 PaTu 8988t C155(0.83); C158(0.83)  LDD1192  [4]
 LDCM0314  AC51 PaTu 8988t C155(0.16); C158(0.16)  LDD1193  [4]
 LDCM0315  AC52 PaTu 8988t C155(1.21); C158(1.21)  LDD1194  [4]
 LDCM0316  AC53 PaTu 8988t C155(1.05); C158(1.05)  LDD1195  [4]
 LDCM0317  AC54 PaTu 8988t C155(1.06); C158(1.06)  LDD1196  [4]
 LDCM0318  AC55 PaTu 8988t C155(1.04); C158(1.04)  LDD1197  [4]
 LDCM0319  AC56 PaTu 8988t C155(1.03); C158(1.03)  LDD1198  [4]
 LDCM0320  AC57 HEK-293T C347(1.05)  LDD1559  [5]
 LDCM0321  AC58 HEK-293T C347(0.98)  LDD1560  [5]
 LDCM0322  AC59 HEK-293T C347(1.17)  LDD1561  [5]
 LDCM0323  AC6 HEK-293T C347(0.98)  LDD1562  [5]
 LDCM0325  AC61 HEK-293T C347(1.08)  LDD1564  [5]
 LDCM0326  AC62 HEK-293T C347(1.13)  LDD1565  [5]
 LDCM0327  AC63 HEK-293T C347(1.06)  LDD1566  [5]
 LDCM0328  AC64 HEK-293T C347(0.90); C264(1.34)  LDD1567  [5]
 LDCM0332  AC68 PaTu 8988t C155(1.19); C158(1.19)  LDD1211  [4]
 LDCM0333  AC69 PaTu 8988t C155(1.06); C158(1.06)  LDD1212  [4]
 LDCM0334  AC7 HEK-293T C347(1.07)  LDD1568  [5]
 LDCM0335  AC70 PaTu 8988t C155(1.23); C158(1.23)  LDD1214  [4]
 LDCM0336  AC71 PaTu 8988t C155(0.95); C158(0.95)  LDD1215  [4]
 LDCM0337  AC72 PaTu 8988t C155(1.21); C158(1.21)  LDD1216  [4]
 LDCM0338  AC73 PaTu 8988t C155(1.28); C158(1.28)  LDD1217  [4]
 LDCM0339  AC74 PaTu 8988t C155(1.13); C158(1.13)  LDD1218  [4]
 LDCM0340  AC75 PaTu 8988t C155(1.30); C158(1.30)  LDD1219  [4]
 LDCM0341  AC76 PaTu 8988t C155(1.24); C158(1.24)  LDD1220  [4]
 LDCM0342  AC77 PaTu 8988t C155(1.08); C158(1.08)  LDD1221  [4]
 LDCM0343  AC78 PaTu 8988t C155(1.13); C158(1.13)  LDD1222  [4]
 LDCM0344  AC79 PaTu 8988t C155(1.15); C158(1.15)  LDD1223  [4]
 LDCM0345  AC8 HEK-293T C347(0.95); C264(1.25)  LDD1569  [5]
 LDCM0346  AC80 PaTu 8988t C155(1.20); C158(1.20)  LDD1225  [4]
 LDCM0347  AC81 PaTu 8988t C155(1.49); C158(1.49)  LDD1226  [4]
 LDCM0348  AC82 PaTu 8988t C155(1.39); C158(1.39)  LDD1227  [4]
 LDCM0248  AKOS034007472 HEK-293T C347(0.96)  LDD1511  [5]
 LDCM0356  AKOS034007680 HEK-293T C347(1.01)  LDD1570  [5]
 LDCM0275  AKOS034007705 HEK-293T C347(1.00); C264(0.94)  LDD1514  [5]
 LDCM0367  CL1 HEK-293T C347(0.71); C179(0.81)  LDD1571  [5]
 LDCM0368  CL10 HEK-293T C347(3.44)  LDD1572  [5]
 LDCM0369  CL100 PaTu 8988t C155(1.29); C158(1.29)  LDD1248  [4]
 LDCM0370  CL101 HEK-293T C347(0.98); C179(0.91)  LDD1574  [5]
 LDCM0371  CL102 HEK-293T C347(1.23); C264(1.04)  LDD1575  [5]
 LDCM0372  CL103 HEK-293T C347(0.94)  LDD1576  [5]
 LDCM0373  CL104 HEK-293T C347(1.04)  LDD1577  [5]
 LDCM0374  CL105 HEK-293T C347(0.94); C179(0.85)  LDD1578  [5]
 LDCM0375  CL106 HEK-293T C347(0.93); C264(0.93)  LDD1579  [5]
 LDCM0376  CL107 HEK-293T C347(0.81)  LDD1580  [5]
 LDCM0377  CL108 HEK-293T C347(0.87)  LDD1581  [5]
 LDCM0378  CL109 HEK-293T C347(1.04); C179(0.85)  LDD1582  [5]
 LDCM0379  CL11 HEK-293T C347(1.23)  LDD1583  [5]
 LDCM0380  CL110 HEK-293T C347(1.58); C264(0.98)  LDD1584  [5]
 LDCM0381  CL111 HEK-293T C347(1.03)  LDD1585  [5]
 LDCM0382  CL112 HEK-293T C347(1.10)  LDD1586  [5]
 LDCM0383  CL113 HEK-293T C347(1.11); C179(0.90)  LDD1587  [5]
 LDCM0384  CL114 HEK-293T C347(1.60); C264(1.16)  LDD1588  [5]
 LDCM0385  CL115 HEK-293T C347(1.03)  LDD1589  [5]
 LDCM0386  CL116 HEK-293T C347(0.97)  LDD1590  [5]
 LDCM0387  CL117 HEK-293T C347(1.04); C179(0.84)  LDD1591  [5]
 LDCM0388  CL118 HEK-293T C347(0.94); C264(0.98)  LDD1592  [5]
 LDCM0389  CL119 HEK-293T C347(0.98)  LDD1593  [5]
 LDCM0390  CL12 HEK-293T C347(1.26); C264(1.02)  LDD1594  [5]
 LDCM0391  CL120 HEK-293T C347(0.99)  LDD1595  [5]
 LDCM0392  CL121 PaTu 8988t C155(0.75); C158(0.75)  LDD1271  [4]
 LDCM0393  CL122 PaTu 8988t C155(0.74); C158(0.74)  LDD1272  [4]
 LDCM0394  CL123 PaTu 8988t C155(1.04); C158(1.04)  LDD1273  [4]
 LDCM0395  CL124 PaTu 8988t C155(0.92); C158(0.92)  LDD1274  [4]
 LDCM0396  CL125 HEK-293T C347(0.80); C179(0.98)  LDD1600  [5]
 LDCM0397  CL126 HEK-293T C347(1.08); C264(1.02)  LDD1601  [5]
 LDCM0398  CL127 HEK-293T C347(0.88)  LDD1602  [5]
 LDCM0399  CL128 HEK-293T C347(0.93)  LDD1603  [5]
 LDCM0400  CL13 HEK-293T C347(0.92); C179(0.80)  LDD1604  [5]
 LDCM0401  CL14 HEK-293T C347(1.16); C264(1.07)  LDD1605  [5]
 LDCM0402  CL15 HEK-293T C347(1.11)  LDD1606  [5]
 LDCM0403  CL16 HEK-293T C347(0.93)  LDD1607  [5]
 LDCM0404  CL17 HEK-293T C347(1.43)  LDD1608  [5]
 LDCM0405  CL18 HEK-293T C347(1.00)  LDD1609  [5]
 LDCM0406  CL19 HEK-293T C347(1.17)  LDD1610  [5]
 LDCM0407  CL2 HEK-293T C347(1.21); C264(1.11)  LDD1611  [5]
 LDCM0409  CL21 HEK-293T C347(1.34)  LDD1613  [5]
 LDCM0410  CL22 HEK-293T C347(1.64)  LDD1614  [5]
 LDCM0411  CL23 HEK-293T C347(1.19)  LDD1615  [5]
 LDCM0412  CL24 HEK-293T C347(1.37); C264(1.16)  LDD1616  [5]
 LDCM0413  CL25 HEK-293T C347(1.18); C179(0.89)  LDD1617  [5]
 LDCM0414  CL26 HEK-293T C347(1.09); C264(0.77)  LDD1618  [5]
 LDCM0415  CL27 HEK-293T C347(0.88)  LDD1619  [5]
 LDCM0416  CL28 HEK-293T C347(0.88)  LDD1620  [5]
 LDCM0417  CL29 HEK-293T C347(0.96)  LDD1621  [5]
 LDCM0418  CL3 HEK-293T C347(1.05)  LDD1622  [5]
 LDCM0419  CL30 HEK-293T C347(1.07)  LDD1623  [5]
 LDCM0420  CL31 HEK-293T C347(1.31)  LDD1624  [5]
 LDCM0422  CL33 HEK-293T C347(1.82)  LDD1626  [5]
 LDCM0423  CL34 HEK-293T C347(1.96)  LDD1627  [5]
 LDCM0424  CL35 HEK-293T C347(1.12)  LDD1628  [5]
 LDCM0425  CL36 HEK-293T C347(1.19); C264(0.96)  LDD1629  [5]
 LDCM0426  CL37 HEK-293T C347(0.92); C179(0.91)  LDD1630  [5]
 LDCM0428  CL39 HEK-293T C347(1.32)  LDD1632  [5]
 LDCM0429  CL4 HEK-293T C347(0.90)  LDD1633  [5]
 LDCM0430  CL40 HEK-293T C347(0.96)  LDD1634  [5]
 LDCM0431  CL41 HEK-293T C347(1.32)  LDD1635  [5]
 LDCM0432  CL42 HEK-293T C347(0.89)  LDD1636  [5]
 LDCM0433  CL43 HEK-293T C347(1.56)  LDD1637  [5]
 LDCM0435  CL45 HEK-293T C347(1.46)  LDD1639  [5]
 LDCM0436  CL46 HEK-293T C347(1.98)  LDD1640  [5]
 LDCM0437  CL47 HEK-293T C347(1.12)  LDD1641  [5]
 LDCM0438  CL48 HEK-293T C347(1.14); C264(0.94)  LDD1642  [5]
 LDCM0439  CL49 HEK-293T C347(0.88); C179(0.84)  LDD1643  [5]
 LDCM0440  CL5 HEK-293T C347(1.00)  LDD1644  [5]
 LDCM0441  CL50 HEK-293T C347(1.22); C264(0.99)  LDD1645  [5]
 LDCM0443  CL52 HEK-293T C347(0.97)  LDD1646  [5]
 LDCM0444  CL53 HEK-293T C347(1.36)  LDD1647  [5]
 LDCM0445  CL54 HEK-293T C347(1.03)  LDD1648  [5]
 LDCM0446  CL55 HEK-293T C347(1.09)  LDD1649  [5]
 LDCM0448  CL57 HEK-293T C347(1.56)  LDD1651  [5]
 LDCM0449  CL58 HEK-293T C347(1.41)  LDD1652  [5]
 LDCM0450  CL59 HEK-293T C347(1.20)  LDD1653  [5]
 LDCM0451  CL6 HEK-293T C347(1.12)  LDD1654  [5]
 LDCM0452  CL60 HEK-293T C347(1.21); C264(0.98)  LDD1655  [5]
 LDCM0453  CL61 HEK-293T C347(0.95); C179(0.89)  LDD1656  [5]
 LDCM0454  CL62 HEK-293T C347(0.90); C264(1.02)  LDD1657  [5]
 LDCM0455  CL63 HEK-293T C347(0.77)  LDD1658  [5]
 LDCM0456  CL64 HEK-293T C347(1.26)  LDD1659  [5]
 LDCM0457  CL65 HEK-293T C347(0.95)  LDD1660  [5]
 LDCM0458  CL66 HEK-293T C347(1.11)  LDD1661  [5]
 LDCM0459  CL67 HEK-293T C347(1.04)  LDD1662  [5]
 LDCM0461  CL69 HEK-293T C347(0.79)  LDD1664  [5]
 LDCM0462  CL7 HEK-293T C347(1.22)  LDD1665  [5]
 LDCM0463  CL70 HEK-293T C347(1.26)  LDD1666  [5]
 LDCM0464  CL71 HEK-293T C347(1.18)  LDD1667  [5]
 LDCM0465  CL72 HEK-293T C347(1.27); C264(1.06)  LDD1668  [5]
 LDCM0466  CL73 HEK-293T C347(1.14); C179(0.82)  LDD1669  [5]
 LDCM0467  CL74 HEK-293T C347(1.00); C264(0.84)  LDD1670  [5]
 LDCM0469  CL76 PaTu 8988t C155(1.02); C158(1.02)  LDD1348  [4]
 LDCM0470  CL77 PaTu 8988t C155(1.21); C158(1.21)  LDD1349  [4]
 LDCM0471  CL78 PaTu 8988t C155(1.20); C158(1.20)  LDD1350  [4]
 LDCM0472  CL79 PaTu 8988t C155(1.18); C158(1.18)  LDD1351  [4]
 LDCM0474  CL80 PaTu 8988t C155(1.26); C158(1.26)  LDD1353  [4]
 LDCM0475  CL81 PaTu 8988t C155(1.16); C158(1.16)  LDD1354  [4]
 LDCM0476  CL82 PaTu 8988t C155(1.12); C158(1.12)  LDD1355  [4]
 LDCM0477  CL83 PaTu 8988t C155(1.22); C158(1.22)  LDD1356  [4]
 LDCM0478  CL84 PaTu 8988t C155(1.47); C158(1.47)  LDD1357  [4]
 LDCM0479  CL85 PaTu 8988t C155(1.37); C158(1.37)  LDD1358  [4]
 LDCM0480  CL86 PaTu 8988t C155(1.23); C158(1.23)  LDD1359  [4]
 LDCM0481  CL87 PaTu 8988t C155(1.77); C158(1.77)  LDD1360  [4]
 LDCM0482  CL88 PaTu 8988t C155(1.51); C158(1.51)  LDD1361  [4]
 LDCM0483  CL89 PaTu 8988t C155(1.49); C158(1.49)  LDD1362  [4]
 LDCM0484  CL9 HEK-293T C347(1.11)  LDD1687  [5]
 LDCM0485  CL90 PaTu 8988t C155(1.46); C158(1.46)  LDD1364  [4]
 LDCM0486  CL91 PaTu 8988t C155(1.17); C158(1.17)  LDD1365  [4]
 LDCM0487  CL92 PaTu 8988t C155(1.03); C158(1.03)  LDD1366  [4]
 LDCM0488  CL93 PaTu 8988t C155(1.25); C158(1.25)  LDD1367  [4]
 LDCM0489  CL94 PaTu 8988t C155(1.34); C158(1.34)  LDD1368  [4]
 LDCM0490  CL95 PaTu 8988t C155(0.99); C158(0.99)  LDD1369  [4]
 LDCM0491  CL96 PaTu 8988t C155(1.12); C158(1.12)  LDD1370  [4]
 LDCM0492  CL97 PaTu 8988t C155(1.27); C158(1.27)  LDD1371  [4]
 LDCM0493  CL98 PaTu 8988t C155(1.18); C158(1.18)  LDD1372  [4]
 LDCM0494  CL99 PaTu 8988t C155(1.18); C158(1.18)  LDD1373  [4]
 LDCM0495  E2913 HEK-293T C347(0.98)  LDD1698  [5]
 LDCM0468  Fragment33 HEK-293T C347(0.88)  LDD1671  [5]
 LDCM0427  Fragment51 HEK-293T C347(1.28); C264(1.01)  LDD1631  [5]
 LDCM0022  KB02 ICC19 C264(1.79)  LDD2386  [1]
 LDCM0023  KB03 OZ C264(2.51)  LDD2972  [1]
 LDCM0024  KB05 OZ C264(2.14)  LDD3389  [1]

The Interaction Atlas With This Target

The Protein(s) Related To This Target

Enzyme
Click To Hide/Show 1 Protein(s) Interacting with This Target
Protein name Family Uniprot ID
Superoxide dismutase [Cu-Zn] (SOD1) Cu-Zn superoxide dismutase family P00441

References

1 DrugMap: A quantitative pan-cancer analysis of cysteine ligandability. Cell. 2024 May 9;187(10):2536-2556.e30. doi: 10.1016/j.cell.2024.03.027. Epub 2024 Apr 22.
Mass spectrometry data entry: PXD047840
2 Chemoproteomic Profiling by Cysteine Fluoroalkylation Reveals Myrocin G as an Inhibitor of the Nonhomologous End Joining DNA Repair Pathway. J Am Chem Soc. 2021 Dec 8;143(48):20332-20342. doi: 10.1021/jacs.1c09724. Epub 2021 Nov 24.
Mass spectrometry data entry: PXD029255
3 ACR-Based Probe for the Quantitative Profiling of Histidine Reactivity in the Human Proteome. J Am Chem Soc. 2023 Mar 8;145(9):5252-5260. doi: 10.1021/jacs.2c12653. Epub 2023 Feb 27.
4 Reimagining high-throughput profiling of reactive cysteines for cell-based screening of large electrophile libraries. Nat Biotechnol. 2021 May;39(5):630-641. doi: 10.1038/s41587-020-00778-3. Epub 2021 Jan 4.
5 Accelerating multiplexed profiling of protein-ligand interactions: High-throughput plate-based reactive cysteine profiling with minimal input. Cell Chem Biol. 2024 Mar 21;31(3):565-576.e4. doi: 10.1016/j.chembiol.2023.11.015. Epub 2023 Dec 19.
Mass spectrometry data entry: PXD044402